È uno dei caffè più celebri di Padova ma la sua data di nascita rimane un mistero ed è probabile che risalga alla fine dell'Ottocento.
Il luogo in cui sorge era uno dei più frequentati della città, in piazza dei Frutti presso l'angolo del "canton delle bugie", luogo di contrattazione dei mediatori commerciali e scalo per le merci che giugnevano via fiume (non a caso via Oberdan, con cui fa angolo, un tempo era detta 'Via del Sale').
Il locale è pubblicizzato nella "Guida storica biografica artistica illustrata di Padova e dintorni curata da Bruno Meneghesso nel 1926 e pubblicata dall'editore Tosetto: vi si descrive l'esercizio come un 'ritrovo serale signorile ed elegante' e si accenna alla presenza di un 'aspiratore – immitatore termosifone' (dove la parola 'immittatore' indica immissione di aria calda: l'impianto aspirava e reimmetteva l'aria in circolo). Evidentemente una novità tecnologica per l'epoca!
Attuale proprietario del Caffè Margherita, dal 1981, è Ignazio Aggujaro. L'esercizio è stato rinnovato nel 2009 e, con le sue sale interne d'inverno e gli ombreggiati tavolini nella stagione calda, in uno degli angoli più suggestivi di Padova ai piedi del duecentesco Palazzo della Ragione, è un punto di riferimento sia per i turisti che per molti padovani, nonché per i rinfreschi di laurea degli studenti della vicina Università e sede del moto club Gold Wing della sezione di Padova.